快速搭建单细胞测序SCI论文框架注意事项-含论文模板分享 | 单细胞专题
上个月，我们推出了《珍藏版:万字长文教你设计CNS殿堂级单细胞文章框架》，备受好评，下沙小何也托大家的福，荣登联川二月份网红作家。
小何非常开心，因此决定再为大家再肝一次，写一篇关于单细胞文章书写相关的小短文。
干货满满，下面开始！
所有人对文章的第一印象是来自于标题，所以说标题取得好，审稿人当成宝。因此标题一定要简单明了，一眼明白讲的是什么。那么这里就要问了，怎么样写好标题？通常好的标题需要突出几个关键因素：
技术手段。本次实验采用的为单细胞测序，所以告诉大家Single-cell transcriptomes。
组织部位：kidneys，lungs，heart。
临床和基础医学研究需要点出本次测序想要探究的方向：肿瘤的细胞特征（cellular identity of renal tumors），疾病的发生（genesis of uremia），分子机理（Inhibition of Transcription Factor HIF-1α Unleashes NK Cell activity）。
根据以上特点，我们归纳出优秀的单细胞文章标题的常见格式为：Single-cell transcriptomes from <组织> reve al the cellular identity of <疾病或生理特征>。
文章除了标题，开篇的Abstract是读者筛选文章是否值得读下去的第二个关卡。因此对于作者而言，把整篇文章的起因经过和结果揉捏在里面，是另一座大山。那么，怎么写一段合格的abstract呢？听我徐徐道来：
一个好的Abstract大致依次包含以下四部分：简单的背景交代，文章的实验手段，实验结果的概括描述以及收尾；
对于背景交代来说，描述时，需点出为什么研究这个疾病或者这个生理特征，是因为死亡率高，致畸性高（the leading cause of death worldwide）？是因为备受大家关注（a serious health concern）？还是由于器官组织导致常规转录组无法进一步破解发病或者生理机制？
交代背景，抛出问题后，便要开始想着通过何种实验手段来破解遇到的难题了，由于我们文章是通过单细胞测序技术来进行发病机制或者生理机制的探究，因此在这里选择的实验手段自然是单细胞测序，并且可以通过：由于普通技术无法实现少量发病细胞的基因表达谱的鉴定，因此这里我们采用了单细胞测序；
接下来是实验结果的概括描述：结合自己数据，对细胞大类进行简单描述，测序数据纵览，收集到多少个细胞，有几个cluster，几种细胞，每种细胞有几个亚型。
最后是Abstract的收尾：结论性话术必不可少（In summary，taken together）。但此外，对于内容的升华必不可少，从大局观着手，描述所带来的社会意义。
到这里，算是完成了吸引读者和审稿人进门的第一步了，但真正留住他们的，是充实的内容和严谨的科学思维，那如何完成正文的书写呢？
Introduction是正文的暖场部分，相当于打地基，要求稳扎稳打。历遍文章后，我推荐三段式写作手法：
第一段，对现状的描述。目前单细胞集中探究的两个方向是发病或者病情演化过程中的机制，或者生理现象背后的通路信息，因此对现状的描述根据研究方向有以下不同的着力点：
（1）对于疾病来说，可以从疾病目前的的现状或者疾病的特性入手，简单描述目前已经发现的相关生理机制或大致病理状态，还存在什么问题需要解决（这个问题最好可以朝单细胞靠近，比如说但是没有人去测定是什么细胞导致疾病的发生？具体的致病细胞基因表达谱的改变情况？）；
（2）对于生理现象：这个现象常常在什么情况下出现，可以导致什么情况的发生，有什么社会意义，目前已经初步了解了大致的生理现象的分子机理，但具体生理过程中单个细胞内的基因表达或者变化情况仍需进一步的探究。
第二段，单细胞测序的优势。首先点出，虽然以上两种情况背后的分子机制有重大发现，但是还是有很多概念是悬而未决的。那么接着写，这些破解这些谜题的难点，常常是因为现有的技术手段无法解析单个细胞内的分子特征。而单细胞技术却可以弥补上面的这些疼点；作为承接，进一步描述单细胞计数在类似的疾病中或者类似生理现象中是否有应用，应用如何？随后，便可以就可以引出将单细胞实验可以探究本研究课题这层意思了。
第三段，对实验过程的一个简单描述。这一段可以简单的描述下本课题中大致的数据挖掘思路，比如说是想要抓到关键细胞或者抓到新型细胞等，并已期达到的目的。
当然，可能大家还想看到手把手的通过案例来进行写作教学，我们还准备了一个更精细的文档，里面有大量更具体的例子和写法，还不快去联系你的销售经理？
Methods部分便是将实验方法描述一遍，方法中必须要注明的有样本采集信息，单细胞悬液制备过程，上机过程，测序和分析过程等测序中涉及到的实验手段。
而从目前的文章趋势来说，单细胞文章逐渐从纯图谱向图谱结合表型验证结合，那么，加点免疫染色或者HE等手段，从侧面验证分析结果，会使得文章增色不少，具体的验证实验可见>>珍藏版:万字长文教你设计CNS殿堂级单细胞文章框架。此外，需要注意的是，methods部分中如果动物和临床样本需要过伦理，文章中需要特意注明。
Results部分是对实验结果的描述，但是单纯的对实验的描述可能会造成行文的枯燥，那如何使得故事跌宕起伏，引人入胜呢？环环紧扣，有条有理的把文章讲述出来是吸引审稿人的必备法宝，下面让我来告诉大家如何整理单细胞文章的结果描述逻辑：
1.表型数据。在进行测序之前，会进行一些预实验，也就是通过表型特征（HE，免疫荧光，体重，大小，颜色，细胞性状等）（如下图）判断课题的可行性和模型构建的成功与否，因此这一部分数据的目的是为了表明单细胞测序的必要并引出课题。
2.单细胞数据的纵览：将所有测到的细胞根据基因表达模式的差异不同，划为不同的cluster，并定义大类。对于数据的纵览，主要还是交代下测到细胞的种类（此步骤宜先定义大类），以及对细胞进行定义时的依据（marker可视化）进行描述以及特异性表达的通路富集分析。
3.对具体的大类功能细胞有目的的进行亚群的细分（例如对上皮，免疫，内皮，成纤维细胞）。有目的性的对关注的细胞大类进行细分（不关注的大类可按需进行），并将细分的亚型进行定义和命名。随后，对细胞进行定义时的依据（marker可视化）进行描述，并挖掘到和疾病发生过程中或者生理现象发生过程中的通路或者基因信息。
4.探究发病细胞的分化或者演化轨迹。Monocle拟时序分析可以通过人工智能描述细胞的分化轨迹，即致病细胞或者关键细胞的来源。该部分拟时序分析的内容主要是为了承接细胞亚群的分类，探究细胞亚群中致病细胞和正常细胞是否在时空上有差异，借此加强与细胞亚群细分内容的联系。
5.细胞-细胞互作。细胞与细胞之间有相互联系，上面我们也说了致病细胞可能是由于大类中某一种亚类细胞分化或者演化过来的。那么这些演化过程可能是由于其他细胞的细胞因子导致的。通过cellphone_DB数据库计算潜在的细胞-细胞间的相互作用网络，窥探其中的分子机制。当然需要注意的是，cellphone_DB数据库目前还只有人的，尚未对其他物种进行收录。
Discussion部分可谓是对整片文章的浓缩和提炼，但这部分并不是简单的总结，还需要和其他结果进行横向比对，并进行升华。大致可以分为3个主轴段落：
第一段更多是讲一些文章内容的总结，以及课题的意义。
第二段肯定是要大致介绍下在本次实验中挖掘出的单细胞数据，以及左右比对后得出的结论（即开始引证，做讨论，别人的发现和自己的发现有什么一样的，和什么不一样的），以及自己更加深入挖掘到科学问题是如何通过本次实验得到了更进一步的结论。
第三段可以讨论下本次实验仍未解决的问题和缺陷，为下一次实验做好铺垫，最好要再次总结本文章最核心的内容，也就是in summary，并对内容进行升华，也就是指出这个实验的一个大角度的展望，比如说对疾病的治愈提供了新的角度等。这一段是讨论的重头戏，假设允许，该部分应该占到总讨论篇幅的一半以上。而且该段话，并不是说一定只能是一段，可以稍加扩充，加至两段甚至三段都是允许的，讨论越深刻，越好！
Nat Med:单细胞测序揭秘细菌性脓毒症的免疫细胞特征 | 单细胞专题
Nature教你用CopyKat寻找单细胞测序中的肿瘤细胞 | 单细胞专题
Cell：肿瘤浸润髓系细胞的泛癌单细胞转录图谱 | 单细胞专题
所见即所得，figure有bi格
联川云平台，让科研更自由